El conjunto original de fotografías producidas por el Gabinete Fotográfico dependiente de la DGPP quedó escindido en algún momento de la década de 1980. Tras una inundación, parte de los negativos de formato medio sobre vidrio y soporte flexible fue desechada por su custodio original y recuperada por el entonces director del Museo de la Ciudad, arquitecto José María Peña, quien lo llevó a esa dependencia. Desde entonces, el acervo se conserva dividido entre ambos repositorios. El Jardín Botánico conserva 1507 negativos de los formatos antedichos y un conjunto de 950 rollos de película. El Museo de la Ciudad posee 1984 (56.8 % del total) negativos sobre vidrio y soporte flexible. 

En el marco del Programa de Conservación Fotográfica patrocinado por la Fundación Antorchas entre 1992 y 1997, se llevó adelante una intervención de conservación preventiva sobre los negativos de formato medio. El trabajo, dirigido por el historiador de la fotografía Luis Priamo, consistió en limpiar, acondicionar y ensobrar de manera individual las piezas, y se realizó un inventario de las mismas (un Libro inventario manuscrito de época fue hallado en el Jardín Botánico  con posterioridad a esta intervención; se encontraba separado del lugar de guarda de los negativos u otros materiales que pudieran pertenecer al Gabinete Fotográfico y contiene datos sobre las fotografías). Sobre la base del inventario realizado por el Programa de Conservación Fotográfica, el Museo de la Ciudad hizo un instrumento en formato Excel, ampliando las descripciones de las fotografías pertenecientes a la institución. 

En el marco de distintos proyectos de investigación financiados por organismos públicos, TAREA y luego CIAP llevaron adelante la digitalización y catalogación de los 3488 negativos en formato medio sobre vidrio y flexibles, excluyendo los rollos de película flexible. El recorte se justifica tanto conceptual como metodológicamente: por la antigüedad e interés para la investigación y valor histórico de los negativos abordados y por las informaciones que arroja sobre ellos el Libro inventario (fuente primaria para la identificación de los lugares y las fechas de las tomas, y que coincide en gran medida con estos soportes y formatos). Los negativos de formato medio se hallan en buenas condiciones de preservación tras ser objeto de la intervención patrocinada por Fundación Antorchas; sin embargo, los rollos han estado décadas sin tener una guarda adecuada ni seguir protocolos de conservación preventiva por lo que se decidió no digitalizar hasta tanto su manipulación pueda coincidir con un proyecto integral de preservación. 

La digitalización siguió protocolos normalizados de captura y de generación de metadatos, y cumple con el doble objetivo de dar acceso público al material iconográfico y de atenuar el requerimiento de manipulaciones futuras, favoreciendo la preservación de los originales.

La catalogación de los objetos digitales se realizó a partir de la información contenida en el Libro inventario. En aquellos casos en los que el inventario no consigna información, se recurrió a los datos presentes en las inscripciones manuscritas sobre las propias fotografías. Por ser de fecha cercana a la producción del Libro inventario -fuente primaria para la catalogación del material-, se ha tomado la información vertida en el organigrama hacia 1943 como referencia para definir los puntos de acceso.